尽管我国高纯硅材料产业在工艺技术方面取得了突破性进展，但仍存在以下几方面的问题：
一是下游市场在外，盲目扩产风险大
目前我国有十几家企业已经开工建设高纯硅的生产线，如果都按计划建设完成，预测2008年我国高纯硅的生产能力将达到2万吨左右，到2010年将有可能超过6万吨。我国高纯硅产业链的主要下游市场在国外，国内太阳能并网发电价格政策尚未出台，市场发展缓慢，一旦以上项目均按计划建成，势必面临产能过剩的局面，威胁行业的发展。
二是高纯硅项目无序上马，低水平重复建设现象严重
高纯硅材料产业的投资资金和技术门槛都很高，一个西门子法千吨规模的高纯硅项目，投资在10亿元人民币左右。目前，我国正在建设的高纯硅项目，很多项目是“翻版”项目，工艺技术装备基本雷同，总体技术水平有待验证或完善提高。如果形成无序上马、低水平重复建设的局面，势必带来行业混乱，造成资源和能源的浪费，给企业和国家造成损失。
三是国内整体技术水平与国外先进水平尚存在差距
目前国内千吨级规模化生产核心技术尚未完全掌握，与世界先进水平还存在一定的差距。已生产出的高纯硅材料技术经济指标普遍不高，产品缺乏国际竞争力。
四是人才队伍严重缺乏，创新能力不强
我国高纯硅在国内仍然属于新兴产业，技术贮备和人才缺乏是行业发展所面临的主要困难。
五是产品质量参差不齐，有待技术标准规范市场
目前国内企业生产的高纯硅材料质量基本在国标电子级2级到3级之间，少量达到电子级1级水平，仅能满足8英寸以下半导体硅片的制备要求；太阳能级高纯硅产品质量也不是很稳定，需要尽快建立国家标准统一规范行业及市场。
六是国内大部分已建和再建生产线对循环经济和副产物综合利用等问题考虑不足。
由于采用西门子法生产高纯硅会产生大量的四氯化硅等副产物，如不妥善处理，将会对产品成本、环境保护等带来不利影响。四氯化硅氢化及综合利用技术难度大，国内企业正在积极攻克，只有实现生产线上的连续运行，才能形成高纯硅生产系统的闭路循环。
建议：
首先，加强创新能力建设，支持创新技术研发平台建设高纯硅材料工程实验室，加大技术研发与集成创新，并结合引进技术的消化吸收，提高产业化技术水平。
其次，由于多晶硅生产系统物料多为易燃、易爆介质，非标设备多、系统复杂，冷热平衡要求高、技术难度大，加上多晶硅行业规模小，专业技术人才匮乏等原因，有些企业通过挖人或引进局部技术、单体设备等办法匆忙开工建设，导致新建项目可能会面临技术的可靠性、系统安全性、环保、投资和知识产权纠纷等风险，建议想上多晶硅的企业审慎行事，减少或避免不必要的浪费。建议国家加强高纯硅材料产业发展的正确引导，重点支持有技术和产业化基础的企业进一步开发技术，综合利用，扩产建设。建议各地方政府深入了解产业状况，不要盲目重复建设，严格从节能、环保等方面控制项目的备案。保证多晶硅产业和谐、健康、稳定、持久地发展。
第三，高纯硅项目是技术密集的工程化项目，技术集成必须与关键技术装备相结合，提高我国高纯硅核心装备制造业水平，从而提升产业竞争实力。
第四，开展太阳能应用技术研究，降低成本，推动光伏太阳能电池应用市场的普及，建议国家出台扶持光伏发电上网优惠政策，引导国内市场发展。